深港通不设总额度限制，但为防范资金每日大进大出的跨境流动风险 ，深港通设置了每日额度的限制 ，深股通每日额度为130亿元，港股通每日额度为105亿元。
当日港股通额度余额使用完毕 ，可能会影响投资者的买入申报 。具体来说 ，当日额度在联交所开市前时段使用完毕的，本所证券交易服务公司暂停接受相应时段后续的买入申报 ，在该时段结束前不再恢复 ，但仍然接受卖出申报 。因卖出申报成交等情形，导致当日额度余额大于零的 ，本所证券交易服务公司在联交所持续交易时段开始时恢复接受后续的买入申报。当日额度在联交所持续交易时段或者收市竞价时段使用完毕的 ，本所证券交易服务公司停止接受当日后续的买入申报，但仍然接受卖出申报 。在上述时段停止接受买入申报的，当日不再恢复 ，本所另有规定的除外 。
此外 ，深港通下的港股通和沪港通下的港股通每日额度由深沪证券交易所分别控制，即均为105亿元人民币 ，互不影响、也不相互调剂。
除了总额度和每日额度以外 ，深港通还规定了单只股票的额度 。单只股票额度是指每个交易日内地投资者可以在香港市场买卖的某只股票的额度，以及香港投资者可以在内地市场买卖的某只股票的额度 。单只股票额度根据市场情况和资金流动状况进行分配。
